行政院農業委員會農糧署表示，國內目前一年兩期作都休耕之農地面積只有5萬公頃，換算兩期作面積為10萬公頃，另有10萬公頃農地係種一期休一期，故而報載20萬公頃農地休耕，實屬錯誤，特此澄清。該署為活化休耕地，自98年起提高輪作、契作產銷無虞作物之獎勵標準，並結合「小地主大佃農」政策等，積極獎勵休耕農地復耕；截至去年底已復耕農地5,187公頃，因各界對一年兩期連續休耕地，有許多負面反應及加強鼓勵復耕的期待，該署正積極蒐集各方意見擬訂改善策略積極推動。
農田休耕兼具必要性及產業結構調整
農糧署說明，為因應稻米生產過剩，及符合世界貿易組織削減農業補貼之規定，調降水稻、甘蔗等保價收購作物生產面積，有其必要性；另為調整農糧產業結構，維持國內稻米供需平衡，穩定糧價並維護農民收益，具政策意義。目前領取休耕補助費之20萬公頃中，有10萬公頃採單期作休耕農田，即一個期作種植一個期作休耕，是有助於培養地力的耕作模式；但也有5萬公頃為一年兩個期作皆休耕之農地，農委會已將其列為優先鼓勵活化對象，輔導復耕或出租種植，以提高農田利用及糧食自給率。
調整耕作制度提高糧食自給率及維護生態環境
農糧署強調，為全面檢討現行耕作制度，已積極研擬調整耕作制度，納入糧食安全因應策略，及農地與水資源保育利用方式，並辦理4場分區座談會及委託學者專家召開3場「活化休耕農地維護國家糧食安全新思維」系列座談會，刻正蒐集各界意見據而規劃調整措施。